Periode Bofin     

1998-1999

In het seizoen 1998-1999 trad KV Mechelen voor het tweede opeenvolgende jaar aan in tweede nationale. Na het vertrek van Franky Vercauteren, die terugkeerde naar Anderlecht als jeugdcoördinator, nam Rudi Verkempinck het roer over als hoofdtrainer. Onder zijn leiding kende Malinwa een sterke start en bleef het de eerste vijf wedstrijden ongeslagen. De Mechelse trein richting eerste klasse leek vertrokken.

Halverwege het seizoen sloeg echter een vormdip toe, en Verkempinck slaagde er niet in zijn ploeg terug op de rails te krijgen. In een opmerkelijke wending namen speler Gunter Jacob, de oudste van de kern, en assistent-trainer Valère Billen het roer over. Jacob combineerde zijn rol als speler met die van trainer, een unieke situatie die uiteindelijk een gouden zet bleek.

Onder hun gezamenlijke leiding herpakte Malinwa zich indrukwekkend en won het tien van de laatste elf wedstrijden. De climax volgde tijdens de laatste speeldag tegen Deinze, met promotie naar eerste klasse als inzet. Met een voorsprong van twee punten op streekgenoot Antwerp begon Malinwa aan de beslissende wedstrijd. In een opvallend gebaar hadden de spelers, met uitzondering van Jacob en Van den Broeck, hun haar witgeverfd, wat de wedstrijd de bijnaam "de wedstrijd van de wittekoppekes" opleverde. Malinwa bekroonde deze historische dag met een overtuigende 5-0 overwinning en een welverdiende promotie.

Het bekeravontuur verliep minder rooskleurig. In de vierde ronde, waarin Malinwa zijn eerste wedstrijd speelde, leed de ploeg een pijnlijke 4-2 nederlaag tegen RAEC Mons.

Vanaf dit seizoen verscheen Bofin, het bedrijf van voorzitter Willy Van den Wijngaert, als nieuwe hoofdsponsor op de geel-rode shirts. Tot 2002 sierden verschillende varianten van de Bofin-shirts de spelers, waaronder enkele bijzondere ontwerpen die later als collectors items werden beschouwd.

1999-2000

Na het succesvolle promotieseizoen 1998-1999 maakte KV Mechelen zijn rentree in eerste nationale. Gunter Jacob nam dit jaar het trainerschap volledig op zich, met een duidelijke doelstelling: het behoud verzekeren. Gezien de recente promotie presteerde Malinwa degelijk en kon het zijn eerste seizoen terug op het hoogste niveau afsluiten op een verdienstelijke elfde plaats.

In de Beker van België kende de club minder succes. In haar eerste wedstrijd had Malinwa verlengingen nodig om tweedeklasser Eendracht Hekelgem te verslaan. In de achtste finale bleek KSC Lokeren echter een maat te groot; de Kakkers keerden huiswaarts met een zware 4-0 nederlaag.

Het jaar 1999 bracht ook een bijzondere gebeurtenis met zich mee: de terugkeer van clubicoon Fi Vanhoof. Na zijn vertrek bij Malinwa had Vanhoof Lokeren naar promotie geleid en bleef hij na die prestatie enige tijd hoofdtrainer. In 1997-1998 werd hij daar vervangen door oud-Malinwa-trainer Willy Reynders. Vervolgens bekleedde hij kort een functie bij KFCO Wilrijk, voordat hij terugkeerde naar de club van zijn hart. Bij KV Mechelen nam Vanhoof vanaf 1999 de rol van sportief directeur op zich.

2000-2001

Het eerste seizoen na de eeuwwisseling bleek een dieptepunt voor KV Mechelen. Hoofdtrainer Gunter Jacob besloot een nieuwe richting in te slaan in zijn carrière en werd vervangen door clubicoon en voormalig aanvoerder Lei Clijsters. Ondanks zijn legendarische status was de opdracht bijzonder zwaar. Door een gebrek aan financiële middelen beschikte Clijsters over een kern die simpelweg niet klaar was voor het niveau van eerste klasse. De sportieve resultaten bleven uit, en in november werd hij vervangen. Voor de supporters blijft Clijsters echter tot op de dag van vandaag een onmiskenbare clubheld.

Na Clijsters' vertrek nam assistent-trainer Valère Billen tijdelijk het roer over. Eind januari werd de Nederlander Barry Hulshoff aangesteld als definitieve vervanger. Helaas konden de trainerswissels weinig verandering brengen. Malinwa wist gedurende het hele seizoen slechts vier wedstrijden te winnen en sloot het jaar af met slechts 22 punten. De club eindigde op de 18e en laatste plaats, wat betekende dat Malinwa na slechts twee seizoenen opnieuw degradeerde naar tweede nationale.

Het bekeravontuur bood evenmin verlichting. In de zestiende finales werd Malinwa met 1-3 uitgeschakeld door Beveren, waardoor ook dit hoofdstuk vroegtijdig werd afgesloten.

2001-2002

Na de teleurstellende degradatie van het vorige seizoen begon KV Mechelen opnieuw in tweede nationale. Barry Hulshoff, die halverwege het voorgaande seizoen was aangesteld, kreeg opnieuw het vertrouwen om het team te leiden. Malinwa begon sterk aan de competitie en leek goed op weg. In november vielen de prestaties echter stil. Een reeks van vijf gelijke spelen, gevolgd door een nederlaag tegen Mons, leidde tot het ontslag van Hulshoff.

Clubicoon Fi Vanhoof, een vertrouwd gezicht en trouwe dienaar van de club, nam het roer over en ging aan de slag als hoofdtrainer. Het bleek zijn laatste opdracht als trainer, maar hij slaagde erin om Malinwa naar de titel te loodsen. Met een voorsprong van vier punten op dichtste achtervolger Ingelmunster kroonde KV Mechelen zich tot kampioen van tweede nationale, waarmee het promotie naar eerste klasse veiligstelde.

In de Beker van België kende Malinwa opnieuw een moeizaam traject. In de vierde ronde trof de ploeg derdeklasser Overpelt. Pas na verlengingen wist Malinwa de overwinning naar zich toe te trekken. Opmerkelijk genoeg werd deze wedstrijd op verzoek van de burgemeester van Overpelt achter gesloten deuren gespeeld, een beslissing waarvan de reden tot op heden onduidelijk blijft. Overpelt had eerder gevraagd om de wedstrijd te spelen Achter de Kazerne, maar door organisatorische beperkingen was dit niet mogelijk. Een leuke anekdote: honderden supporters volgden de match van uit de Overpeltse bossen. 

In de vijfde ronde kwam het bekeravontuur helaas ten einde. Na een spannende strijd verloor Malinwa na strafschoppen van Verbroedering Geel, waarmee een vroegtijdig einde kwam aan het bekerseizoen