Het eerste seizoen na de eeuwwisseling bleek een dieptepunt voor KV Mechelen. Hoofdtrainer Gunter Jacob besloot een nieuwe richting in te slaan in zijn carrière en werd vervangen door clubicoon en voormalig aanvoerder Lei Clijsters. Ondanks zijn legendarische status was de opdracht bijzonder zwaar. Door een gebrek aan financiële middelen beschikte Clijsters over een kern die simpelweg niet klaar was voor het niveau van eerste klasse. De sportieve resultaten bleven uit, en in november werd hij vervangen. Voor de supporters blijft Clijsters echter tot op de dag van vandaag een onmiskenbare clubheld.

Na Clijsters' vertrek nam assistent-trainer Valère Billen tijdelijk het roer over. Eind januari werd de Nederlander Barry Hulshoff aangesteld als definitieve vervanger. Helaas konden de trainerswissels weinig verandering brengen. Malinwa wist gedurende het hele seizoen slechts vier wedstrijden te winnen en sloot het jaar af met slechts 22 punten. De club eindigde op de 18e en laatste plaats, wat betekende dat Malinwa na slechts twee seizoenen opnieuw degradeerde naar tweede nationale.

Het bekeravontuur bood evenmin verlichting. In de zestiende finales werd Malinwa met 1-3 uitgeschakeld door Beveren, waardoor ook dit hoofdstuk vroegtijdig werd afgesloten.