KV Mechelen begon het seizoen 2006-2007 met Peter Maes als nieuwe trainer en Bjorn Vleminckx als opvallende versterking. De ploeg startte sterk met een reeks ongeslagen wedstrijden en eindigde na 34 speeldagen op de tweede plaats met 70 punten, goed voor deelname aan de promotie-eindronde. Daar domineerde Malinwa overtuigend: vijf zeges en één gelijkspel leverden de eerste plaats en promotie naar eerste klasse op, vier jaar na de vereffening.

Ook in de Beker van België liet de club zich gelden. Als tweedeklasser schakelde KV Mechelen o.a. Germinal Beerschot en Zulte Waregem uit en haalde de kwartfinale, waar KAA Gent te sterk bleek. Sportief bewees Malinwa klaar te zijn voor het hoogste niveau, terwijl ook commercieel lokale sponsors zich aan de club verbonden.