Na de historische redding van het voorgaande seizoen begon KV Mechelen aan het seizoen 2003-2004 in de derde nationale. Als gevolg van de financiële problemen moest de club starten met een negatief puntensaldo van 9.

Onder de leiding van Alex Czerniatynski en Zivica Kanacki presteerde Malinwa desondanks degelijk. Het sloot het eerste seizoen na de vereffening af op een respectabele zevende plaats. In de Beker van België verliep het minder voorspoedig. Na een overwinning tegen vierdeklasser Grimbergen in de vierde ronde, verloor Malinwa in de vijfde ronde na strafschoppen van Walhain Chaumont-Gistoux.

Een opvallend aspect van het seizoen was de hernieuwde rivaliteit met stadsgenoot Racing Mechelen. Door de degradatie kwamen beide ploegen voor het eerst in bijna 15 jaar weer in dezelfde reeks uit. De twee stadsderby’s vormden de absolute hoogtepunten van het seizoen. Malinwa boekte zijn eerste overwinning van het seizoen op speeldag vijf, uitgerekend in de derby tegen Racing. De tweede ontmoeting, in het eigen stadion Achter de Kazerne, verliep minder succesvol. Racing kwam in de 52e minuut op voorsprong, en Malinwa slaagde er niet meer in om de wedstrijd te kantelen.

Ook naast het veld zorgde de derby’s voor ludieke incidenten. Voorafgaand aan de eerste derby werd de middenstip van Racing Mechelen door grappenmakers gestolen. Lierse-supporters namen vervolgens wraak door de middenstip van Malinwa mee te nemen. Als reactie besloot terreinverzorger Franky De Vroe de week voorafgaand aan de tweede derby op het veld te slapen, om te voorkomen dat de middenstip nogmaals verdween.

Vanaf 2003 kreeg het stadion Achter de Kazerne bovendien een gesponsorde naam: het Scarlet Stadion. Met elke mogelijke bron van inkomsten welkom, was deze naamswijziging een kleine maar belangrijke stap in de wederopbouw van de club.