Het seizoen 1996-1997 zou voor KV Mechelen de geschiedenis ingaan als een dieptepunt. Onder leiding Van hoofdtrainer Willy Reynders begon de ploeg aan de competitie, maar een dramatische start met slechts één overwinning in de eerste tien wedstrijden leidde al snel tot zijn ontslag in oktober. Assistent Zivica Kanacki nam tijdelijk de leiding over, totdat Georges Heylens op 4 november werd aangesteld als nieuwe hoofdtrainer. De trainerswissels konden echter niet voorkomen dat Malinwa verder wegzakte. Het seizoen eindigde op een teleurstellende 17e plaats, slechts één positie boven hekkensluiter Cercle Brugge. Voor het eerst sinds het seizoen 1982-1983 zou Malinwa aantreden in de tweede klasse, waarmee een lange periode in de hoogste divisie werd beëindigd.

Ook in de Beker van België kende de club een weinig memorabele campagne. In de zestiende finales boekte Malinwa nog een gemakkelijke 3-0 overwinning op derdeklasser AC Hemptinne-Eghezée. Maar in de daaropvolgende ronde werd de ploeg na strafschoppen uitgeschakeld door tweedeklasser KFC Tielen, waarmee ook in het bekertoernooi geen succes werd geboekt.

Precies tien jaar na het seizoen waarin KV Mechelen haar hoogtijdagen inluidde met het winnen van de Beker van België, bereikte de club een dieptepunt. Het verval, dat in de voorgaande jaren al zichtbaar was, werd in dit seizoen definitief voltooid.